Jurusan Antropologi berdiri pada awal Mei 1957 di Fakultas Sastra Universitas Indonesia (UI) atas prakarsa Prof. Dr. Koentjaraningrat dan merupakan Jurusan Antropologi yang pertama kali didirikan di Indonesia.

Prof. Dr. Koentjaraningrat

Pada waktu itu Jurusan Antropologi hanya memiliki Program Pendidikan Sarjana (S1). Sejak saat itu, Jurusan Antropologi Universitas Indonesia juga menjadi cikal bakal berkembangnya ilmu antropologi di beberapa perguruan tinggi negeri di Indonesia.

Jurusan Antropologi UI kemudian menjadi tempat pelatihan dosen-dosen antropologi baru serta berperan dalam pendirian Jurusan Antropologi di UNPAD (Bandung), UGM (Yogyakarta), USU (Medan), UNHAS (Makassar), UNUD (Denpasar), UNSRAT (Manado), UNCEN (Jayapura), serta beberapa universitas negeri lainnya.

Pada tahun 1981, berdirilah Program Pascasarjana Antropologi yang dirintis oleh Prof.Dr. Koentjaraningrat dan Prof. Dr. Harsya W. Bachtiar.

Program tersebut secara resmi dibuka di Fakultas Sastra pada tahun 1981/1982 berdasarkan Surat Keputusan Jenderal Perguruan Tinggi No. 048/DJ/Kep/1982.

Disiplin ilmu Antropologi dalam perkembangannya kemudian ternyata lebih mendekatkan diri pada ilmu-ilmu sosial. Sejalan dengan perkembangan tersebut, pada tahun 1983 Jurusan Antropologi pindah dari Fakultas Sastra ke Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP) UI sampai saat ini.

Di tahun yang sama juga didirikan Laboratorium Antropologi (Lab Antrop) sebagai lembaga penelitian untuk pengembangan kajian ilmu antropologi di UI.

Seiring dengan pindahnya kampus UI Rawamangun ke kampus UI Depok pada tahun 1987, maka Jurusan Antropologi juga ikut berpindah dan menempati sekretariatnya di gedung B lantai 1 FISIP hingga saat ini.

Perkembangan disiplin ilmu Antropologi di tanah air kemudian berkembang pesat dan dalam rangka mengakomodir perkembangan tersebut, pada tahun 1989 majalah ilmiah pertama Jurusan Antropologi atau dikenal dengan Berita Antropologi yang diterbitkan sejak 1969 mengubah visi dan misinya sehingga menjadi majalah ilmiah baru dan mengubah namanya menjadi Jurnal Antropologi Indonesia.

Dalam perkembangannya kemudian, pada tahun 1996 didirikan Program Diploma (D3) Pariwisata, Program Studi Usaha Perjalanan Wisata sebagai respon atas potensi perkembangan situasi pariwisata di Indonesia secara umum, serta pada saat yang bersamaan juga didukung dengan mulai banyaknya pakar budaya pada Jurusan Antropologi.

Perubahan besar terjadi di tahun 2000 ketika status Universitas Indonesia berubah menjadi Badan Hukum Milik Negara (BHMN).

Jurusan Antropologi yang tadinya hanya membawahi program pendidikan sarjana pada tahun 2003 diubah namanya menjadi Departemen Antropologi yang membawahi Bidang Pengajaran yaitu Program Pendidikan Sarjana (S1), Program Pendidikan Pascasarjana (S2/S3), dan Program Pendidikan Diploma Pariwisata (D3).

Bidang Non-pengajaran juga mengalami perubahan, yaitu Lab Antropologi diubah menjadi Pusat Kajian Antropologi yang membawahi Perpustakaan Departemen Antropologi dan Jurnal Antropologi Indonesia.

Pada tahun 2008, kemudian UI menyatukan sistem administrasi pendidikan D3 di tiap fakultas di bawah payung Program Pendidikan Vokasi UI. Program D3 Pariwisata yang sebelumnya berada di bawah Departemen Antropologi lalu bergabung dengan Program Vokasi UI.

Saat ini, Departemen Antropologi UI membawahi Program Studi Sarjana (S1), Pascasarjana (S2/S3), dan Pusat Kajian Antropologi.